根管治疗的目标是尽可能的减少患者的不适应和疼痛，部分患者来就诊时牙髓已经坏死,对刺激没有痛的感觉,这种情况做根管治疗时几乎不怎么疼,麻醉都不需要。
根管治疗前，牙医会使用局部麻醉剂使治疗区域完全麻木，确保患者在治疗过程中不会感到疼痛。现代麻醉剂和注射技术能够有效且快速地麻醉牙齿和周围组织。
采用显微镜辅助下的根管治疗可以提高精度，减少对牙齿结构的损伤，从而减轻术后不适。
每个人的疼痛和治疗反应不同，有些人可能在治疗过程中或术后会有轻微的不适感。如果牙齿根管系统异常复杂，或者存在感染，可能需要更多的时间和技巧来完成治疗，有时会导致治疗过程稍微不适。
