牙疼时选择奥硝唑还是甲硝唑，需根据具体情况判断。
奥硝唑和甲硝唑都属于硝基咪唑类抗生素，对厌气菌有强大抗菌作用，能有效抑制和杀灭口腔内的厌气菌，减轻因厌气菌感染引起的牙疼症状。
奥硝唑的抗菌谱更广，对兼性厌气菌也有一定抑制作用。相比甲硝唑，奥硝唑的副作用相对较小，胃肠道刺激较轻，恶心、呕吐等反应发生率较低，患者耐受性较好。
甲硝唑服用后可能出现口腔金属味等不良反应，而奥硝唑的金属味较轻；甲硝唑在常规剂量下可引起双硫仑样反应，而奥硝唑在常规剂量下一般不会出现该反应。
但甲硝唑的作用时间相对较长，可达12-15小时，而奥硝唑的作用时间相对较短，约8-10小时。
治疗牙疼时，若由厌气菌感染引起，且对甲硝唑耐受性较差，可优先选择奥硝唑；若对甲硝唑耐受性良好，甲硝唑也是有效的选择。但牙疼原因复杂，如龋齿、牙髓炎等非厌气菌感染引起的牙疼，单靠这两种药物不佳，需针对具体病因进行治疗。
