漱口水可以作为口腔清洁的辅助工具，但长期使用要注意类型、频率和适用情况，不能把它当成刷牙和牙线的替代品。日常口腔护理的基础仍然是认真刷牙、清洁牙缝和定期洁牙，漱口水更多是帮助减少口腔异味、辅助控制菌斑或改善局部炎症环境。
如果是普通清新口气类漱口水，长期使用时要留意是否含酒精、刺激性香精或较强清凉成分。有些人使用后会觉得口腔干燥、黏膜刺痛，反而可能加重不适。若本身有口腔溃疡、黏膜敏感、口干症，建议选择温和、无酒精类型，并减少使用频率。
如果是含氯己定等药 用成分的漱口水，一般不建议长期自行连续使用。这类漱口水常用于牙龈炎、牙周治疗后或口腔手术后的短期辅助护理，使用时间和次数应按医生建议来。使用过久可能出现牙面染色、味觉改变、口腔菌群失衡等问题。含氟漱口水则更适合龋齿风险较高的人群，但儿童使用时要注意年龄和吞咽风险。
使用漱口水还要避免“越浓越好、次数越多越好”的想法。一般按说明稀释或直接使用即可，漱口后短时间内少喝水、少进食。若口臭、牙龈出血、牙结石明显，单靠漱口水通常解决不了根本原因，建议检查牙周和龋齿情况。
