根管治疗通常不会像很多人想象中那样“全程钻到神经、疼得受不了”。规范治疗一般会先 进行局部麻醉，待患牙和周围组织麻木后，再打开牙齿、清理感染或坏死的牙髓，对根管进行预备、消毒和充填。麻醉起效良好时，治疗过程中更多感受到的是器械震动、牵拉感或张口疲劳，而不是持续锐痛。
部分急性牙髓炎、根尖周炎或明显肿胀的患牙，麻醉可能较难完全起效。治疗中如果仍有明显疼痛，应立即告诉医生，医生可以等待麻醉进一步生效、补充麻醉或调整处理方式，不需要强忍。很多顾客觉得根管治疗“特别痛”，其实是治疗前牙髓炎发作时已经出现了剧烈自发痛、夜间痛或咬合痛。
治疗后麻醉逐渐消退，患牙周围可能在几天内出现轻度酸胀或咬东西不舒服，这与根尖周围组织受到刺激有关。若疼痛逐渐减轻，通常可以按医嘱观察；不要自行使用抗生素，也不要因为暂时不痛就中断后续复诊。根管治疗往往需要完成根管充填，并根据剩余牙体组织情况安排补牙、嵌体或牙冠保护。
如果治疗后疼痛持续加重，出现明显面部肿胀、发热、流脓、吞咽困难，或临时填充物脱落，应尽快联系医生。根管治疗的目的之一正是清除感染来源、缓解原有牙痛并尽量保留天然牙。
