牙间隙刷使用不当确实可能刺激或损伤牙龈，尤其是型号过大、强行塞入牙缝，或者反复大幅度摩擦时，容易引起牙龈疼痛、擦伤和出血。但正确选择尺寸并轻柔使用，牙间隙刷通常是清除牙缝、牙桥周围和正畸托槽附近牙菌斑的实用工具，并不会把正常牙缝越刷越大。
合适的牙间隙刷应该能够贴合牙缝，并在轻微阻力下顺利通过。如果刷头一进入就明显弯折、钢丝卡住，或者必须用力推进，说明型号可能太大。使用时可让刷头沿牙缝方向缓慢进入，轻轻前后移动数次，不要上下猛戳牙龈，也不要把已经弯曲、钢丝外露的刷头继续使用。不同部位的牙缝宽度不完全一样，有些人需要准备两种或更多尺寸。
初次使用时出现少量出血，不一定代表牙龈被刷伤，也可能是牙缝中长期堆积牙菌斑，牙龈本身已有炎症。随着每天规范清洁，出血通常会逐渐减少。但如果某一个位置每次都会刺痛、出血量较多，或者使用数日后仍没有改善，应先停用不合适的尺寸，并让牙医或口腔卫生人员检查。
还要注意，牙龈退缩、牙周袋、种植牙、固定牙桥和正在戴牙套的人，适合的刷头型号及进入角度可能不同。若牙龈持续红肿、流血、出现口臭、牙齿松动或牙缝明显变化，应检查是否存在牙周疾病，而不是单纯更换清洁工具。选择合适尺寸、轻柔进出和定期更换刷头，是避免牙龈受伤的三个关键。
